Su actividad principal consiste en el diagnóstico de enfermedades infecciosas mediante la demostración del agente causante de estas infecciones a las muestras biológicas recogidas al paciente. Técnicas como la detección de antígenes, tinciones, o visualización directa proporcionan un diagnóstico rápido. El cultivo e identificación del germen permiten, junto con el antibiograma, conocer su sensibilidad o resistencia a los agentes antimicrobianos y conseguir por tanto el tratamiento más adequado y un mayor éxito terapéutico.
Por otro lado, esta sección también se encarga del control microbiológico de áreas hospitalarias y del aislamiento de gérmenes patógenos en manipuladores de alimentos.
Otra de sus funciones fonamentales consisten en proporcionar asesoramiento a pacientes, médicos y entidades hospitalarias en todos los aspectos, tanto clínicos como epidemiológicos, que son de su competencia.
Campos de actuación